صبح روزسه‌شنبه(29.مهرماه) آیت‌الله مهدوی کنی پس از گذراندن دوره بیماری طولانی مدت در بیمارستان شهید رجایی دار فانی را وداع گفت. به گفته نزدیکان آن مرحوم، آیت‌الله کنی ساعت 7 بامداد امروز دچار ایست قلبی شد و تلاش پزشکان پس از دو ساعت بی‌نتیجه ماند و وی در ساعت 9 صبح دعوت حق را لبیک گفت.
آیت‌الله مهدوی کنی از 14 خرداد ماه سال جاری به علت عارضه قلبی در بیمارستان بهمن بستری شد و پس از حدود دو ماه به بیمارستان شهید رجایی منتقل شد. مراسم غسل میت و وداع با پیکر آیت الله مهدوی کنی روز چهارشنبه در دانشگاه امام صادق (ع) برگزار می‌شود.
بیت آیت الله مهدوی کنی طی اطلاعیه ای اعلام کرد که مراسم تشییع پیکر آن مرحوم روز روز پنجشنبه 1 /8/ 93 از دانشگاه تهران به سمت حرم حضرت عبدالعظیم حسنی (ع) برگزار خواهد شد. نماز میت بر پیکر مرحوم آیت‌الله مهدوی‌کنی به امامت حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی اقامه می‌شود. مجلس ختمی از سوی رهبر معظم انقلاب، روز شنبه 3 آبان از ساعت 15:30 در حسینیه امام خمینی(ره) برگزار خواهد شد.
در پی ارتحال عالم مجاهد و پارسا حضرت آیت الله مهدوی‌کنی رضوان الله علیه، رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیام تسلیتی، با اشاره به نقش‌آفرینی شجاعانه این یار صادق و وفادار امام بزرگوار در همه عرصه‌های مهم کشور، تأکید کردند: این انسان بزرگ و پرهیزگار، همه جا و همه وقت در موضع یک عالم دینی و یک سیاستمدار صادق و یک انقلابی صریح ظاهر شد و همه‌ی وزن وزین خود را در همه‌ی حوادث این سالها در کفه‌ی حق و حقیقت نهاد. رییس‌جمهور با اعلام دو روز عزای عمومی در سراسر کشور،  رحلت آیت‌الله مهدوی کنی را تسلیت گفت. همچنین علما و مسئولین نظام نیز با انتشار پیام‌هایی این واقعه را تسلیت  گفتند.