در حالی که شرکت‌های معتبر اتومبیل‌سازی در حال کار کردن روی تولید ماشین‌های خودران هستند، هکرها هم فرصت مناسبی برای ایجاد مشکلات امنیتی جدید پیدا کرده‌اند. استفان سویج، استاد کامپیوتر دانشگاه کالیفرنیا می‌گوید: «ما هنوز قادر به حفظ امنیت ماشین‌های غیر‌خودران هم نیستیم، چه برسد به ماشین‌های خودران.»سویج با اشاره به نقص‌های امنیتی به کارخانه‌های تولیدکننده اتومبیل که به دنبال تکنولوژی ماشین‌های خودران هستند، گفت که کامپیوترهای اضافی، سنسورها و اینترنت پیشرفته که در ساخت ماشین‌های خودران به کار می‌رود، به نوبه خود سبب ایجاد خلأ امنیتی می‌شوند.

شرکت گوگل در بخشی از پروژه Google X در حال کار کردن روی ماشین‌های خودران است. نرم‌افزار به کار رفته در ماشین‌های گوگل Google Chauffeur  است. اخیرا شرکت اتومبیل‌سازی نیسان با کمک گرفتن از شرکت فناوری فضایی ناسا ماشین‌های خودکار خود را با موفقیت آزمایش کرد. شرکت آمریکایی تسلا موتورز هم مصمم به تولید ماشین‌های خودران است و به همین دلیل استاد طراحی کارآزموده، جیم کلر را استخدام کرده است تا تیم مهندسی سخت‌افزاری تولید ماشین‌های خودران را رهبری کند.

در اتومبیل‌های خودران سنسورهایی به کار می‌رود که اتومبیل‌ها از طریق آن می‌توانند محیط پیرامون خود و فاصله سایر اتومبیل‌ها، عابران پیاده یا دوچرخه‌سوارها را با خود تشخیص دهند و سرعت متناسب را به کار ببرند. سویج می‌گوید راه‌های زیادی برای کنترل این اتومبیل‌ها و هک کردن آنها وجود دارد. برای مثال با اتصال به جایگاه مخصوص تعبیه شده در خودرو برای گوشی تلفن همراه یا کار گذاشتن یک سی‌دی که سیستم اتومبیل را به کامپیوتر هکرها متصل می‌کند.

پس از ورود به سیستم، هکرها می‌توانند کنترل ترمزها، موتور و سایر نقاط اتومبیل را از راه دور کنترل کنند. تولید‌کنندگان هنوز نتوانسته‌اند این قسمت‌های مهم اتومبیل‌ها را از سایر قسمت‌ها جدا کنند، به دلیل آنکه همه قسمت‌های اتومبیل باید با یکدیگر کار کنند تا اتومبیل بتواند حرکت کند.